Prześladowania rasowe
Niemal równocześnie z dojściem Hitlera do władzy, w Rzeszy Niemieckiej rozpoczęła się dyskryminacja osób uznawanych w doktrynie faszystowskiej za „podludzi”. Do tej kategorii zaliczono w pierwszej kolejności Żydów i Cyganów a później także Słowian.
W chwili wybuchu wojny w II RP mieszkało ponad 3,2 miliona Żydów (ok. 9 % wszystkich mieszkańców). Już w czasie kampanii wrześniowej występowały bardzo liczne przypadki mordowania ludności żydowskiej przez wkraczającą armię niemiecką. Pod koniec października 1939 roku zapadła decyzja o wysiedleniu 550 000 Żydów z ziem wcielonych do Rzeszy – do Generalnego Gubernatorstwa. Podjęto też decyzję o koncentracji ludności w wydzielonych dzielnicach żydowskich. Żydzi poddawani byli różnego rodzaju represjom – wprowadzono przymus pracy, zakazano zmiany miejsca zamieszkania bez zezwolenia władz, zakaz przebywania na ulicach w godzinach nocnych, nakazano pod groźbą ciężkiego więzienia nosić znak identyfikacyjny z gwiazdą Dawida. Odebrano wszelką własność, zamknięto szkoły i zakazano praktyk religijnych. Przystąpiono też do całkowitego zamykania dzielnic żydowskich. 15 października 1941 r. Hans Frank wydał rozporządzenie wprowadzające karę śmierci dla Żydów, którzy opuścili teren getta oraz dla Polaków pomagających Żydom. W gettach panowały tragiczne warunki bytowe, ludzie umierali masowo z powodu strasznego głodu, ciężkich warunków bytowych oraz całkowitego braku opieki medycznej.
Obozy zagłady
Początkiem masowej eksterminacji Żydów, był wybuch wojny rosyjsko-niemieckiej. 31 lipca 1941 roku Herman Göring – pełnomocnik do uregulowania kwestii żydowskiej wydał rozkaz ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej – Endlösung der Judenfrage. Szczegóły techniczne tej akcji uzgodniono na konferencji w Wannsee 21 stycznia 1942 roku, na której zapadła definitywna decyzja o fizycznej zagładzie 11 mln Żydów europejskich. Zgodnie z protokołem konferencji postanowiono Żydów europejskich „ewakuować na Wschód”. Sugerowano również, by akcję tę rozpocząć od terenów Generalnego Gubernatorstwa.
Akcja wymordowania mieszkających w GG Żydów i rabunek ich mienia nosiła kryptonim – „Aktion Reinhardt”. Objęto nią także Żydów, z okręgu białostockiego.
Do realizacji tych planów utworzono miejsca masowej i natychmiastowej eksterminacji – obozy zagłady. Pierwszy z nich powstał jeszcze w grudniu 1941 roku w Chełmnie nad Nerem (Kulmhof).
W październiku 1941 roku Niemcy rozpoczęli budowę pierwszego położonego na terenie GG obozu zagłady w Bełżcu. Pierwszy transport do obozu zagłady w Bełżcu przybył 17 marca 1942 roku i tę datę uważa się rozpoczęcie „Akcji Reinhardt”. Od końca kwietnia 1942 roku zaczął działać obóz w Sobiborze, od lipca 1942 w Treblince. Rolę ośrodków masowej zagłady pełnił także obóz Auschwitz II – Birkenau (Brzezinka) oraz Majdanek. W wyniku „Akcji Reinhardt” wymordowano ok.2 mln. ludzi.